二是企业税收负担偏重。我国物流企业税收负担高于全国宏观税负水平。特别是2012年，国家启动营业税改征增值税试点以来，物流业尤其是货物运输业税负大幅增加。与试点前相比，货运企业实际税负普遍增长85%-120%。物流企业特别是货运企业税负增加，重要原因之一是处于增值税抵扣第一链条上的个体运输户由于征管难度较大无法开具增值税发票，导致物流企业无法取得足额发票作为进项抵扣。此外，房屋租赁费、过路过桥费等占物流企业成本较大比重的费用尚未纳入增值税抵扣范围，也是导致物流企业税负增加的重要原因。

　　三是城市通行和配送难。随着城镇化水平提升，城市成为消费集聚地，城市配送保障越来越受到挑战。当前，城市交通管理“重客轻货”思想严重，基本都采取了限制货运车辆进城的交通管制措施。郑州市推出了分期限行、限制货车进城、大幅提高停车费等交通管理措施;武汉市三环以内禁止货车通行，推广路桥ETC收费。快递车辆进入城市必须办理进城通行证，但是通行证办理难度大、名额少，导致很多企业改用金杯面包车或依维柯客车送货。据调研了解，一辆金杯载货客车仅能载货3个立方，一辆最基本的4.2米厢式货车可以载货12-15个立方，两种车型占用面积基本一样，但是4辆违法的载货客车才相当一辆货车的载货量，造成4倍的道路占用和污染排放。还有快递专用电动三轮车问题，各地限行措施日益普遍，虽然国家邮政局作为快递行业主管部门出台了相关行业标准，但是车辆制造涉及工信部门，车辆通行涉及城市交通管理部门，多部门协作进展缓慢，该问题始终没有得到解决。城市配送是保障城市消费的刚性需求，无论是否有通行证，城市所需的货物都要由车辆配送进入城市。通行证的限制仅仅是将部分原可以通过高效的货车运输的货物改为客车运输，并且增加了道路占用和污染排放。

　　同时，随着大型居住区、商业区、校区、机关企事业单位综合办公区等不断涌现，对末端配送网络和配送能力提出了新的要求。而城市中心地区往往没有配送分拨和停车装卸的配套设施，致使末端配送缺乏微循环体系，快递和配送车辆占道停车装卸，就地分拣包裹，增加交通拥堵压力和安全隐患。调研中了解到，菜鸟网络通过开放合伙的形式，协同社区、物业、便利店和校园等服务商，建立4000多个菜鸟驿站，通过公共配送服务，减轻城市末端配送压力。顺丰速运等快递和电商企业正在推广智能快递箱，减少人工投递，但是也面临着产权、事权难以界定、物业和社区不支持等问题。